端平元年（公元1234年），蒙宋联军打进蔡州，金国灭亡。宋便乘机收复了原北宋的三京——东京开封府、西京河南府和南京应天府。但蒙军翻了脸，反攻过来，三府又落入蒙军手中。接着，蒙军开始大规模伐南宋。
蒙军先突破了四川防线，接着横扫湖北、湖南。成吉思汗孙忽必烈又率军攻鄂州（今武汉武昌），当时南宋皇帝宋理宗派当朝重臣、贾妃弟弟贾似道督军救援。贾似道一边督战，一边向忽必烈提出划江而治的求和条件。正值哥哥蒙哥战死，忽必烈急于回国争夺汗位，他同意了贾似道的条件并撤兵。由此贾似道立了大功，升为右相。南宋也马上忘了国忧，进入新一轮歌舞升平之中。
忽必烈夺得了汗位，蒙军卷土重来。咸淳四年（公元1268年）蒙军包围江汉平原重镇襄樊。南宋开始了襄樊保卫战。襄樊保卫战比二次世界大战中的斯大林格勒保卫战还要惨烈，是中国历史上城市防御战中打得时间最久的战斗。双方共争夺五年。宋军数次增援，均被蒙军击退。但城中宋军就是不降。宋咸淳八年（公元1272年），南宋民兵首领张顺和张贵率壮士三千人，用轻舟载食盐、布匹等补给，一路血战，突入城中。城中得到补给，张顺和张贵二勇士却战死。咸淳九年（公元1273年），蒙军破城，守将范天顺和牛富战死，守将吕文焕被迫投降。这时，忽必烈已于一年前，即公元1271年，改国号为大元。
襄樊城一破，长江防线洞开。蒙军（现称元军）在长江上不断打败宋军。长江沿线宋军纷纷降元。
宋恭帝于德佑元年（公元1275年）继位。右相贾似道拼凑起十三万大军，集结于芜湖，摆出决战之态。但他无心作战，只为求和。他私下又遣使去元军营中求和。元军拒绝，两军开战。宋军当即溃败，贾似道乘小船逃回扬州。他后被贬，在流放途中被押解官杀死。
元军乘势进攻，攻陷了建康府（今南京）。宋将张世杰在镇江府焦山集结水军，打算配合扬州宋军对元军反攻。但元军用火箭抢先进攻，宋军大败。元军进逼临安府（今杭州）。南宋王朝最后的日子来临了。
当时宋朝为宋恭帝，年仅4岁。朝政由谢太后谢道清掌握。谢太后提出要投降。大臣文天祥等反对。
文天祥是吉州庐陵（今江西吉安）人，原名云孙，字履善,又字宋瑞,自号文山。宝佑四年（公元1256年）他中状元，历任签书宁海军节度判官厅公事、刑部郎官、江西提刑、尚书左司郎官、湖南提刑、知赣州等职。
宋恭帝德佑元年（公元1275年）正月，宋军长江防线崩溃，朝廷下诏让各地组织兵马勤王。文天祥立即以家产充军费，组建了一支万余人的江西义军，开赴临安（今杭州）。宋朝廷委任文天祥知平江府（今江苏苏州），命令他援常州（今江苏常州），之后驰援独松关（临安西北关隘，位于今浙江省安吉县南独松岭上）。但文天祥的军事才能终是不行，江西义军未能挡住元军兵锋。
德佑二年，元军兵临临安，朝中官员几乎逃光，这时谢太后任命文天祥为右丞相兼枢密使。
谢太后要降，文天祥反对。但在谢太后坚持下，他只得出城与元朝丞相伯颜谈判。文天祥到了元军大营，却被伯颜扣留。谢太后见大势已去，只好献城纳土，向元军投降。
不过谢太后留了一手，在抱着恭帝投降之时，让大臣陆秀夫保护着南宋第六代皇帝宋度宗的庶出长子、恭帝的哥哥赵昰（九岁）、恭帝的二哥赵昺（六岁）逃出临安。赵昰一行躲过元军的层层围堵，到达温州。
陆秀夫字君实，出生于楚州盐城(今江苏盐城)，三岁随同父母迁居江南京口(今江苏镇江)。他自幼聪明超群，才思敏捷，七岁能诗，十九岁考取进士，与文天祥同榜。当时镇守淮南的制置使李庭芝礼聘他到自己幕府任职。后因李的升迁，陆秀夫到南宋任礼部侍郎。
陆秀夫派人找来了躲藏于此的宰相陈宜中，大将张世杰也率兵从定海前来会合。众人拥戴益王赵昰为天下兵马都元帅，广王赵昺为副元帅。此后二王就成为宋室遗民心目中仅存的希望。同年，赵昰即位，改元景炎。即位后端宗只能由大将张世杰护卫着登船入海，东逃西避。
此刻元军虽然占领了临安，但两淮、江南、闽广等地还未被元军完全控制和占领。于是，伯颜企图诱降文天祥，利用他的声望来尽快平定各地。文天祥宁死不屈，伯颜只好将他押解北方。行至镇江，文天祥冒险出逃，经过许多艰难险阻，于景炎元年（公元1276年）五月二十六日辗转到达福州，找到端宗赵昺，被任命为右丞相。
文天祥与陈宜中意见不合，离开南宋行朝，以同都督的身份到南剑州（治今福建南平）开府，指挥抗元。祥兴元年（公元1278年）冬，文天祥在率部向海丰撤退的途中遭到元将（也是南宋降将）张弘范的攻击，兵败被俘。文天祥服毒自杀未遂，张弘范让其写信劝降张世杰，文天祥便写下了《过零丁洋》一诗。该诗因其中“人生自古谁无死，留取丹心照汗青”两句而流芳千古。
景炎三年（公元1278年）三月，端宗在躲避元军追逐时，船入广州湾时倾复，端宗落水。虽然他被左右救起，却生了病。因元军追兵逼近，大臣们只能带他带病乘船逃往碙州（今广东省雷州湾）。经海上长途颠簸，惊病交加，十岁的端宗几个月后死去了，葬于永福陵（今广东江门）。
端宗死后，大臣陆秀夫等又拥端宗的弟弟、年仅七岁赵昺在崖山登基，年号祥兴。
崖山位于今广东省新会市南，与西面的汤瓶山对峙如门，称为崖门，宽仅里许，是个天然港口。大将张世杰命令当地百姓大兴土木，为皇帝、太后建起宫殿。
这时大将张世杰犯了一个错误。他放弃了对崖门入海口的控制，而把千余艘战船背山面海，用大索连接，四面围起楼栅，结成水寨方阵，把木制战船两侧用衬垫覆盖，以防御元军的火箭和炮弩，赵昺的御船居于方阵之中。张世杰自以为是扎下了一个固若金汤的水寨，其实只是一个能防不能攻更不能逃的战阵，无攻便无法长守，无逃则没有保全。
祥兴二年（公元1279年）三月初，元将张弘范率水军赶到。他先控制了崖山之南的入海口，再包抄切断了宋军的所有退路，让南宋朝廷陷入了绝地。
这天的三月十九日，是一个暴风雨交加的早晨。早晨，海水退潮了，向南流去。南流的海水，却将元军偷袭的战舰带过了浅水弯。元军在宋军意想不到的北面向宋军水寨发起偷袭。到中午，水寨北面的宋军溃败。中午涨潮，海水由南北还，元军的主力乘大潮由南面向宋军发起总攻。宋军南北受敌，全线溃败。到黄昏时，宋军大将张世杰见水寨已无法坚守，下令砍断绳索，率10余战舰护卫杨太后突围。
张世杰率帅船杀到外围，见皇帝赵昺的御船过于庞大，被外围的船只阻隔，无法从水寨中出来。张世杰便放下小舟去接皇上。当时天色已晚，风雨大作，伸手不见五指，陆秀夫惟恐小船为元军假冒，断然拒绝来人将赵昺接走。张世杰无奈，只得率战舰护卫着杨太后杀出崖门。
宋军败局已定，御船又开不出水寨，陆秀夫便有了必死的决心。他先让自己的妻子、儿子跳海，然后对赵昺说：“事已至此，陛下当为国捐躯。德祐皇帝受辱已甚，陛下不可再辱！”八岁的小皇帝赵昺十分懂事，他穿好龙袍，挂好玉玺，伏到陆秀夫背上，由陆秀夫背着跳海自尽。官员、妇女、将士们也纷纷随之跳海。
这次，陆秀夫不是泥马，他没能够背着宋代的皇帝浮过海去。此役，宋军死难人数达十万人。
史载，这是一个悲壮的场景。崖门之战结束时，海面上到处漂浮着尸体。文天祥此时正被拘捕在崖山元营，亲眼目睹了这一惨状，他在诗中写道：“羯来南海上，人死乱如麻。腥浪拍心碎，飙风吹鬓华。”
陆秀夫尸体几天后浮出海面，被乡人收葬。元军发现一具身穿黄衣的幼童尸体，身上带有金玺，上书“诏书之宝”四字。金玺送交张弘范辨认，确认是赵昺所用。张弘范再派人寻找赵昺尸体时，末帝赵昺的尸体已下落不明。还有一说法是，几天后渔民看到了他的尸体，就把他葬在今天潮洲赤湾村的宋少帝陵里。