自从天启帝死后，魏忠贤的脑海里一直浮现着一个画面：天启帝在病危时召见了自己的皇弟朱由检，并对他说，来，吾弟当为尧舜。并指着魏忠贤说，魏忠贤、王体乾对朕衷心耿耿，可以用来商议国家大事。
魏忠贤不明白自己怎么老是回想这几句话，他总觉得在这几句话之间暗藏着什么关键的隐喻。当时的魏忠贤觉得天启帝完全是小题大做，过于杞人忧天，我魏忠贤怎么会轻易让你去死呢，我还要靠着你掌管着大好江山呢，你死了，我不就失宠了吗？他当然想不到，就是因为自己的自命不凡，由于他那恰到好处的毒药亲手断送了自己的大好前途。
当太医告知皇上驾崩的时候，魏忠贤整个人如五雷轰顶，天都塌了下来。怎么会说死就死，给他药的人全家老小的性命都在他手上，怎么可能会欺骗他呢？难道是诈死？他推开太医，慌里慌张地去寻天启帝的脉搏，可哪还有什么脉搏。
太医说道：“看样子圣上是被毒死的。”
魏忠贤厉声道：“闭嘴！胡说八道！皇上每日的膳食都有人试毒，怎么可能被毒死？”
太医说道：“皇上吃的仙丹也许有问题。”
魏忠贤威胁道：“你个老匹夫，那仙丹可是你们太医院说没问题，皇上才服用的，难不成你们明知仙丹有毒还故意让皇上服下？你们好大的胆子，竟敢毒害皇上，来人啊，拿下！”
太医忙解释道：“太医院查验的是瓶里的十粒仙丹，并未查验后来根据药方做出的仙丹，是以……”
魏忠贤冷笑两声道：“后来的仙丹是我吩咐手底下的人按照方子炼制而成，你们太医院不是也派人去盯着了吗？我告诉你，这仙丹若是有问题，你们太医院的人一个也跑不了。”
在魏忠贤的一番威逼恐吓下，太医院的太医一个个瑟瑟发抖，都等着皇上的死因最终会查到他们自己头上，有几个已经开始给自己写遗书了。
朱由检正式登基，改“天启”年号为“崇祯”，这也是明朝作为大一统王朝的的最后一个年号，朱由检正式成为后世历史中所评价成的一位勤政却又昏庸残暴的皇帝，史称“崇祯帝”。
这崇祯帝首当其冲就是把太医院的人都请来问话，问了半天大家谁也没说仙丹有问题，只说皇上可能是被人投毒害死的。这么说倒也符合崇祯帝的心意，既然太医们都这么说了，那么就查吧，有人投毒的话，就从大行皇帝平时的饮食查起，从御膳房到伺候用膳的公公宫女挨个审讯。这个雷厉风行的举动大大吓坏了魏忠贤，虽然该消失的都已经消失了，可崇祯帝早晚都会查出来，他每天都过着提心吊胆的日子。更重要的是，魏忠贤发现崇祯帝对自己极度提防，很多事情都不让自己知道，崇祯帝反倒是对王体乾多加重用，这一点让魏忠贤又极其不满。王体乾得了崇祯帝的宠幸，渐渐不把魏忠贤放在眼里，看着魏忠贤受着冷落，他还要经常上前安慰他两句，刺激刺激他，就怕自己昔日的主子不够糟心。
彻查大行皇帝之死交由锦衣卫处理，锦衣卫指挥使田尔耕接了这道命令后开始发憷，以他多年刺探情报、搞暗杀、钻营阴谋诡计的经验来看，假如说天启帝真是被毒死的，毒死他的人只有一个，那就是魏忠贤。尽管他不清楚魏忠贤这么做的动机是什么，毒死天启帝对魏忠贤来说极其不利，虽然天启帝活着也没少让魏忠贤好过，可最起码两人过起招来，平分秋色，谁也不能拿对方怎么样。而天启帝一死，这个僵持的局面一被打破，魏忠贤则必然危矣。
田尔耕还注意到一件事，这次调查天启帝之死，并不是全都由他说了算，新登基的崇祯帝给了他一个得力的助手傅顿。
田尔耕当然记得傅顿，他们曾经为了抢夺左氏兄弟差点刀剑相向，而现在时隔一年，他们竟然要一起合作找出毒死皇帝的凶手，而这个凶手他们都心知肚明。傅顿原先是信王府护卫，如今随着崇祯继位，他也成了宫中的大内侍卫，禁军长官，将这样一个人放在他田尔耕身边，毋庸多说，必是派来监视他的。魏忠贤尚未和他有所接触，想必也是有所顾虑，现在一定有着无数双眼睛在盯着魏忠贤，魏忠贤无法授意田尔耕如何查案，田尔耕自然也很迷惘，到底是查到什么都往上报，还是尽力阻碍调查呢？
魏忠贤若是被定个谋害圣人的罪名，东林党必将逮住机会把他往死里整，届时，身为阉党的田尔耕又岂能置身事外，保住魏忠贤就是保住自己。这次硬着头皮也要和傅顿再斗一回，就算鱼死网破，他已没有了退路。在田尔耕的指使下，所有锦衣卫消极怠工，对追查线索这件事漠不关心，哪怕把毒死天启帝的毒药摆他们面前，他们连看都不会多看一眼。田尔耕对他的好兄弟们说，这个傅顿是崇祯帝的人，案子查出来了，功劳也都是他他们的，和咱们锦衣卫没有任何关系。
傅顿当然不是个傻子，他让自己的手下分头搜寻天启帝驾崩前后宫中无端消失或告假回乡之人，一个都不能放过。很快，手下的人便报告说在景山上发现了一具宫女的尸体，这名宫女是在大行皇帝崩逝当日告假回乡的。这个调查进展令崇祯帝非常满意，并借此良机苛责锦衣卫懒惰敷衍，再无作为，就把田尔耕的锦衣卫指挥使给免了。
其实案子查到这种程度已经能把魏忠贤吓个半死了，再查下去，他们也只能查到个替死鬼，可是一个替死鬼的作用也是巨大的，这个替死鬼一定能够撬动整个稳如泰山的阉党。
就在案子查了一半的时候，杨所修联合杨维垣上书攻击崔呈秀，作为阉党五虎之首，崔呈秀实在想不通为什么这俩平日慈眉善目和阉党走那么近的人会来攻击自己，田尔耕也没搞懂，但有件事他非常确定，就是自己迟早死在那个胖表妹的手里，这一招说不定就是表妹想出来的，想先试探试探崇祯帝的反应，可崇祯帝什么反应都没有。随着调查日益进展，越来越多的阉党被牵扯进来，一个天启帝贴身宫女之死，就像一把匕首慢慢插入阉党的心脏。直到浙江嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪状被崇祯帝在朝堂上拿出来让人大声朗读，每读一个字，魏忠贤的心神就丧一分。
十大罪状分别是：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。
内侍读完后，崇祯帝问魏忠贤道：“魏卿有何感想？”
魏忠贤也该明白崇祯帝要对他动手了，而且是玩真的。他失魂落魄地跪倒在大殿之上，似乎已经放弃了生还的希望，他并未否认这十大罪状，反而主动请罪。此时，朝堂上的阉党正在犹豫要不要站出来为魏忠贤说话，因为搞不好这是崇祯帝在引蛇出洞，准备将他们一网打尽。考虑到法不责众，很快，陆续有魏忠贤的亲信挺身而出为他说话，历数他过去做过的一些功绩，让皇帝开恩，魏忠贤罪不至死。
崇祯帝原本板着的脸转而变成一副笑脸道：“各位爱卿，先冷静，朕怎么会因为一位区区贡生的文章就降罪于魏提督呢，朕要真那么做了，朕不成昏君了吗？大家都起来吧，不要跪了，这件事先就这么过去吧。”
阉党们终于松了一口气，魏忠贤却一直跪着，动也没有动，他明白事情当然不会就这么过去，更大的暴风雨即将来临，这次上朝他被人搀了回去，一个晚上没睡好觉，他知道自己手底下的人已经开始寻思着要另觅靠山，他自己也不例外，再这样下去，纯粹是坐以待毙。于是，他又找人去将联系徐应元，希望对方可以为自己说点好话，在崇祯帝要对自己下死手的时候帮他一把，救他一命。
徐应元经历过上一次的教训之后，非常的为难，和魏忠贤交情摆在那里，除了交情，巨额的贿赂也让他舍不得浪费这次赚钱的大好良机。干坏事的人早就想到了自己会有什么样的后果，可很多坏事之所以还是会发生，只是因为他们心存侥幸心理。魏忠贤派去的人为了接触徐应元，费劲了心机，才躲过了崇祯帝布下的各种眼线。他们乔装打扮混在人群中，趁着徐应元出宫办事的功夫，故作失足撞了他一下，将两样东西塞入他怀里。徐应元当下便明白有人在找他行方便，他找了个没人的地儿，偷偷将怀里的东西拿了出来，三颗骰子和一个字条，字条上写了一个偏僻的地名，那地方他倒是去过，记得是座荒宅。他手里拿着三颗骰子上下掂量着，明白了是赌友魏忠贤找他，他依着字条上的地址找到了那座荒宅，宅子处在一个十分隐蔽的地方，据当地人说是个鬼宅，基本没人靠近。他偷偷地溜了进去，这鬼宅看着真是名副其实，一进去就有股阴风刮来，就在他考虑要不要再往里去时，他看到房子里有个大箱子，箱子里多半是他想到的东西，除了金银财宝还能有什么。
这个箱子促使他快步走了进去，他一打开箱子，里面真的是金光闪闪，亮得人眼花缭乱。金子玉器古玩样样皆有，这可是一箱大宝贝，就算雇一百个人看着也不为过。就在兴奋之余，他注意到箱子里还有张字条，这才是最关键的，字条上写着：若元君尚念旧情，望君相助，贤自当厚礼以待。
看来一箱子宝贝才只是个见面礼，后面还有大头。他将收到的两张字条随即焚毁，看着它们灰飞烟灭，随后一个人自言自语道：“回去复命吧，就说徐应元姑且一试，不敢有所保证。”
墙外果然响起一声猫叫，接着是有人离开的脚步声。
回宫以后，崇祯帝将他叫了过去：“熹宗之死基本上已经查清楚了，背后主使者必是魏忠贤无疑，徐应元，你有什么想法？”
徐应元听着这话总觉得崇祯帝是知道了什么，毒死皇帝是天大的罪过，诛九族、凌迟处死都不为过，哪里用的着问他。徐应元额头冷汗直冒，干脆噗通一跪，自己坦白从宽道：“奴才有罪，奴才知错，请皇上饶命。”
崇祯帝佯装不知，问道：“徐应元你怎么老毛病又犯了？”
徐应元为了活命，和阉党划清界限，把魏忠贤重金贿赂自己的事一股脑全给交代了。崇祯帝心下暗喜，锦衣卫其实压根就没追到魏忠贤的人，他们的这次接触可以说是天衣无缝，毕竟魏忠贤是东厂提督，锦衣卫的行事风格他再了解不过，反追踪是他的看家本领。徐应元哪里知道那么多，崇祯帝一诈，他立马露了怯。
崇祯帝对徐应元干脆一蒙到底，就让他一直愧疚下去，就得让他害怕和魏忠贤扯上关系。于是崇祯帝将计就计，魏忠贤的人要是再来联系徐应元，徐应元就说事情比较棘手，需要时间，不能操之过急，这位崇祯帝不似天启帝，是个极聪慧之人，必须一步一个脚印，稳扎稳打。魏忠贤的人还真就三番两次地来找徐应元，而且越来越频繁，魏忠贤是真的急了。
魏忠贤之所以有一种火烧眉毛的焦灼感，是因为朝堂上继钱嘉征的十大罪状之后，东林党如雨后春笋般上奏折又开骂了，先前一个个把魏忠贤夸上天的人这次写的文章每个字都足以要了魏忠贤的命，全国建魏公祠，塑魏忠贤金身，以及完吾七年的事情被翻出，说他意图谋反。此时崔呈秀被罢官回乡守制，阉党之首出了事，其余的人谁也无法幸免。
十月，魏忠贤等了一个月左右的徐应元终于传来了消息，崇祯帝发现他收受了贿赂，要惩戒他，而且他保留了很多与魏忠贤的来往密信，这些信是怎么保留下来的，魏忠贤一拍大腿就觉得自己蠢透了，他们的那种沟通方式对于避开锦衣卫的确有效，可是魏忠贤的人很容易就被徐应元的障眼法所骗，他每一次烧掉的密信都是事前准备好的，将真正的密信藏了起来，当做日后的证据。魏忠贤不识字，主笔的是王体乾。这事查到王体乾头上，王体乾自然供出魏忠贤，魏忠贤只得招认。
这一次崇祯帝终于可以名正言顺地对魏忠贤动手了，他痛心疾首地对魏忠贤说道：“魏卿啊，朕对你可是给予厚望啊，熹宗曾说你对他忠心耿耿，是可以与朕商议国家大事之人，怎么能做这种糊涂事，那些大臣们弹劾你，该挡的朕也都替你挡下了，可你怎么……你怎么能贿赂朕身边的人呢？熹宗之死也已查的差不多了……”
提起天启帝，魏忠贤一声冷汗，这是要他的命啊，崇祯帝这人真是好话说尽，坏事做绝啊，可他既然这么说，也就意味着案子已经到了瓶颈，这和他所掌握的情况相差无几。虽然很多阉党的人被牵扯进来，可关键人物全都已经开不了口，再怎么查也查不到自己头上。
崇祯帝给了他一定的反应时间，随后开口道：“万一真相对魏卿不利，朕就再也无法维护你了，干脆告老还乡吧，不要再掺和朝堂上的事了，智者就得学会明哲保身。”
魏忠贤不傻，这话是什么意思，大家心里都明白，现在自己虽然损兵折将，可元气还在，一旦告老还乡，这一路夜长梦多，他是否能活着回去都是个问题。他现在已经没有别的选择，走就走，他早就想到会有这么一天，所以提前做好了准备。
魏忠贤暗道：崇祯帝，你不是要杀我吗？我倒要看看你能不能做到。
魏忠贤感激涕零地说道：“圣上隆恩，贤唯有来世再报。这一路，臣对圣上一定会挂念非常，还请圣上多多保重龙体。”
崇祯帝说道：“嗯，魏卿的忠诚，朕永远铭记在心。”