孔融是当时的一名大知识分子，由于他的门阀地位实力资望，便成了一位众望所归的代表性人物。所以，刘备有一次被孔融请去救陶谦，曾经激动地问来人：“孔文举知道世间还有一个刘玄德吗？”他觉得被孔融如此看重，简直太光荣了。
《后汉书》载：有一次，孔融把何进得罪了，何进手下的人“私遣剑客欲追杀融。有客言于进曰：‘孔文举有重名，将军若造怨此人，则四方之士皆引领而去矣。莫如因而礼之，可以示广于天下。’进然之，既拜而辟融举高第”。由此可见孔融在许都是什么样的一个重要人物了。
知识分子的毛病，就是自我感觉特别的好，尤其是被捧得晕晕乎乎的时候，更不知天高地厚。《后汉书》载孔融和祢衡的一段对话：“衡谓融曰：‘仲尼不死。’融答曰：‘颜回复生。’”就可看他是多么自诩了。何进之所以不愿收拾他，很可能这位屠户出身的大将军，有点像《儒林外史》里那个胡屠户对于他中举而疯了的女婿范进，存有一种对于文曲星的敬畏。
而曹操，在文学上，是领袖群伦的大手笔，在政治上，也是一个予取予夺的强者，当然不会买这个不听话的知识分子的账。尤其孔融是“海内英俊皆信服之”的政治上的反对派，曹操的容忍就有限度的了。一个统治者，可以不理会与当局不合作的知识分子，但不合作而且捣乱的知识分子，就不会轻易放过的了，不过时间早晚罢了，总是要收拾的。
从伐袁绍起，孔融就与曹操意见相左；在大政方针上与曹操公开唱反调，这也不是第一次；与被监视的汉献帝过往甚密，动不动就上表，也很遭曹操的忌；煽动祢衡在大庭广众中辱骂曹操，也是给他记了账的。所以，孔融一经人告发，说他有侮谩诽谤之罪，立刻就把他抓了起来。
其实，他的两个儿子也知道他早晚要倒霉。所以，军吏来逮捕孔融时，这两兄弟正在下棋，别人劝他们赶快躲一躲，他们说：“覆巢之下，焉有完卵？”知道曹操不会放过他们一家的。
按说，孔融的言论，严重程度也未超过祢衡，曹操未杀祢衡的头，为什么对孔融却不肯轻饶呢？如果说孔融是大文人，曹操同样是大文人，因为文人相轻，嫉妒才华，而要置孔融于死地的话，陈琳在文章里，指着鼻子骂曹操，也不曾掉脑袋。那为什么要将孔融弃市呢？
我们从曹操赐死崔琰令中的一句话“琰虽见刑，而通宾客，门若市人”，可以了解曹操最忌畏的，是孔融“虽居家失势，而宾客日满其门”，“家中客常满，樽中酒不空”，成为当时许都城里一股离心力量的领袖人物。这是曹操最深恶痛绝的，无法容忍的，所以，他就只有伏刑了。