有感于班超稳定西域的贡献，章帝刘炟升班超为将兵长史，这个职位相当于汉朝军队的副统帅，位于大将军之下。班超的助手徐干擢升为军司马。
在班超的运作下，乌孙国派出使节去洛阳朝觐汉章帝。之后，卫侯李邑被安排护送乌孙使节返回西域，押送赐给大、小昆弥及官员的锦帛、绸缎回乌孙。
李邑到于阗时，刚好龟兹、莎车国的联军在攻击疏勒国。这时候，这位从未上过战场的皇宫禁卫官怕自己会殒命西域。还没有见到在疏勒前线的班超，李邑就在于阗搜集班超的小材料，然后给章帝刘炟写了一封密报，大胆地分析西域的局势。
李邑密报：西域诸国目前乱象横生，远非之前班超所说的那样乐观。处于沙漠之沿的绿洲小国或草原之上的游牧行国，连连混战，人心涣散，自顾不暇，绝对不可能归附中国。
末了，李邑还意犹未尽，觉得论据不够充实，又告了班超一状。说班超在西域拥娇妻，抱爱子，不愿回中原，根本不是为了国家。所以，班超建议陛下增加西域的兵力，只是为己所用。这一年，是建初八年（公元83年），班超在西域战斗的第十个年头，他已年过半百。
这段记录在史料中的密报说明了一件事情，那就是班超在西域有了一房塞人种的妾，并已生下了未来的西域长史班勇。中国古代按周制，实行的是一夫一妻多妾制，皇帝只册立一位皇后，其他是不同等级的妃。妻为娶，而妾为纳。妻与妾生的孩子有嫡、庶之分，关系到继承权。
班超在中原有明媒正娶的妻，已有了两个嫡子。李邑指控班超“拥娇妻”，而不是“拥娇妾”，这是给班超扣上了个重婚的罪名。娶两妻在古代也是犯罪行为，要处以一年的徒刑。可见一字之差，天壤之别。李邑“用心良苦”，只为害人。
李邑无端的告发让班超着实紧张了一段时间，得知消息的班超惊恐地对副手徐干说：恐怕陛下对我起了疑心，我命不久亦。为此，班超立即把那个“妻”赶回了娘家。
但是，章帝了解班超的为人，并没有起疑心，还下诏指责李邑：跟随班超在西域的中原将士有千余人，每个人都会思念家乡父老，怎么可能每个人都与班超同心？所听不实。并命令李邑面见班超。同时，章帝给班超也下了一道诏书，说，如果班超认为李邑适合在西域尽忠，就让他在班超手下当差。这当然是章帝刘炟给了班超一个制裁李邑的机会。
班超并没有利用这个机会收拾这个来自京城、心怀鬼胎的小人，而是命李邑护送乌孙王国的侍子返回洛阳。
班超的助手徐干很不理解班超的做法，对他说：卫侯李邑陷害你，否定我们在西域的成果，为什么不利用诏书把他留下来？让他也在大漠之边、戈壁之野的征战中，体验一下西陲将士的艰辛。送侍子返回洛阳的事，可以另派他人。
班超说：你的目光太短。正因为他陷害我，我才派他回去。只要自己觉得所作所为无愧于心，何必在乎别人的评论。为逞一时之能，把他留下，祸害西域的稳定，这才是对国家的不忠。
之后，为了让班超安心，章帝再派假司马和恭率兵800，增援班超。等到和恭的援军后，班超立即征召疏勒、于阗的军队，攻击莎车。
原本班超扶持的疏勒王忠，在莎车王的金银财宝的诱惑下，决定反汉。忠下令疏勒军队退出战场，退守乌即城（今新疆维吾尔自治区疏附县境内）。班超改立疏勒丞为新的疏勒王，动员效忠中国的部队攻打乌即城。但围城半年之久，一直没有攻下来。
由于忠的不忠，让原本平稳的局势变坏。当时，康居国与月氏国和亲，正处于蜜月期。班超派出特使赶赴月氏，面见月氏王，送以重礼，请月氏王从中斡旋，说服康居王不要干涉西域之争，将忠带走。此时，增援乌即城的康居军队已越过葱岭。
月氏国即我们历史教材中的贵霜王朝，中亚大国。康居依附月氏，故不敢得罪月氏。于是，康居军队裹挟忠与他的亲信返回，乌即城的守军投降。
两年后，疏勒前王忠向康居借兵，返回故土，陈兵损中城（乌即城附近），派人向班超诈降。班超识破忠的诡计，将计就计，允许忠带人来谈条件。
疏勒城中设了盛大的宴席，欢迎忠的回归。酒菜正酣时，没等忠的卫队动手，班超的刀斧手先下手砍了忠。忠的卫队被抓捕，忠的人头被送到损中城。康居军队自行回国。
这期间，北匈奴汗国与中原开通了边贸，大且渠伊莫訾王率众驱赶着1万余头牛羊南下，准备到边塞交易。南匈奴单于挛鞮长得到消息，派出部队，从上郡出发，中途拦劫，抢走了大半牲畜。
自此，南匈奴开始频频攻击北匈奴。双方在北匈奴驻地涿邪山发生遭遇战，南匈奴大胜。
针对当时的局势，武威太守上书说，现在北匈奴已经跟中国和解，南匈奴不断地攻击抢劫，可能会让北匈奴单于认为中国毫无诚信，会再次侵边。最好让南匈奴把抢夺的百姓和牲畜归还，以缓解北匈奴的敌意。
官员为这个提议吵翻了天，主要有两种意见。以太尉郑弘、司空第五伦为首的一派认为，不能归还百姓和牲畜。北匈奴连年侵边，抢走的边塞财物何止万头牛羊。以司徒桓虔、太仆袁安为首的一派认为，南匈奴应当归还抢来的百姓和牲畜。他们认为大汉王朝要讲诚信，既然北匈奴已臣服，就当与南匈奴同等对待。
两派因意见不统一大打出手，相互指责揭短，朝堂成为街市。此事长久未决，最后闹到了章帝刘炟处。30岁的刘炟当时已病重，但还是在病榻上做了决定，命人下诏：天下河流千万条，之所以海纳百川，是因为大海的地势低。泱泱大国，就是受点委屈，又有什么关系？这些年，北匈奴一直履行誓约，年年进贡。中国如果违背信义，岂不理亏？命令度辽将军庞奋，用双倍的价格从南匈奴处赎回所俘虏的百姓、牲畜，归还北匈奴。对于南匈奴英勇作战的行动，按惯例，论功行赏。
此时的塞外，北匈奴的势力越发羸弱，官员与民众纷纷背叛逃亡。
南匈奴在南部攻击，丁零人从北部攻击，鲜卑人在东部攻击，班超率联军在西部驱逐匈奴人扶持的西域诸国贵族中的反汉势力。北匈奴四面受敌，开始向更远的地域迁徙。鲜卑人甚至深入北匈奴腹地，大破北匈奴，杀了优留单于后凯旋。北匈奴内部大乱。自建初八年（公元83年）起的4年时间里，先是北匈奴汗国三木楼訾王率3万余人在五原郡边塞归降。之后，北匈奴汗国车利涿部，先后有73个小部落归降。屈兰储58个部落28万人，分别在云中、五原、朔方、北地归降。
远在西域的班超则征调于阗、疏勒等国的部队25000人，开始向一直对抗中国的莎车国发动最强势的一次攻击。莎车的盟友龟兹、温宿、姑墨、尉头组成联军增援莎车。
班超率联军击莎车形势示意图 李东绘制
面对敌众我寡的局面，班超召开军事会议。在这次的军事会议上，班超故作忧虑，提出让于阗王率本部先行撤回本国，疏勒军队也返回疏勒城。大家各自坚守，等半夜鼓声响起，各部集结，各自行动。命令下达后，班超安排卫兵故意放走之前的莎车俘虏，让他们“帮忙”传递消息。
龟兹、莎车的联军得到消息后，非常兴奋，提出分歼班超军的计划。龟兹王率1万骑兵在西去的道路上伏击班超，温宿王率8000骑兵在东归路上伏击于阗王，莎车军队在班超大军解体后击尾。
看着对方军队进行大调动，班超知道对手已中招。他立即封锁消息，集结部队，紧急备战。鸡鸣时，班超军团突然对莎车军营发动拂晓攻势，还在睡梦中的莎车军大败。班超军队斩敌5000，莎车王投降。
这一战，班超威镇西域。
在中原，章和二年（公元88年）的四月九日，汉章帝刘炟在洛阳章德殿驾崩，时年32岁。10岁的太子刘肇继位，为汉和帝。窦太后临朝听制。
刘肇当时并不知道窦太后是他的养母，他的亲生母亲梁贵人在他出生后不久便死于后宫之争。被整死的还有他的舅舅、外公及可能获得权力的娘家亲属。窦太后的美丽面孔下并不是一颗善良的心。
这位20来岁就寡居的皇太后，所能依仗和信任的当然是她的娘家兄弟们。大哥窦宪成为窦太后的靠山。慢慢地，窦宪身上恶的本性开始显现。
窦宪已是东汉“窦家班”的第四代人物了，在富贵中长大的窦宪为人睚眦必报。他当权后，对之前得罪过他的人多有报复。窦宪的门客告诫他：生来就富的人骄，生来就贵的人蛮。您生于富贵之家，现在又突然成为朝廷重臣，不可不知汉王朝自创立以来，皇后外戚20家，能全身而退的不过4家。教训不可不记取呀！
窦宪当然没当回事，依旧我行我素。不久之后，发生了一件谋杀案。
年轻的都乡侯刘畅从封国来参加刘炟的葬礼，被年轻的窦太后一眼相中，连连召见。窦宪怕自己的权力被分割，竟然派出刺客，在警卫森严的皇家场所把刘畅暗杀了。
刘畅是皇族，可见窦宪的胆子有多大。经过调查，真相大白，窦宪被禁困在皇宫中。这时候，窦宪怕被杀，请求出击北匈奴，以功赎罪。
为什么要出击北匈奴呢？当时北匈奴汗国发生饥荒，每年有数千人投降南匈奴。此时南匈奴单于是挛鞮屯屠何，史称休兰尸逐侯鞮单于。他看北匈奴破败，就给朝廷上了奏折说：可以趁北匈奴饥荒和内斗之际，出兵讨伐，彻底消灭北匈奴，使中原不再有边塞之忧。南匈奴愿意出兵效力，与中国大军一起远征。
窦太后觉得可行，但是朝中大臣反对。理由很简单，南匈奴与北匈奴并没有本质的区别，差别就在于单于这只领头羊是“狮子”还是“兔子”。如果中国帮了南匈奴，今后南匈奴的单于由“兔子”变成“狮子”，一样是中原的大患。北匈奴的存在其实就是对南匈奴的一种制衡。如果打破这种平衡，对中国来说并不利。何况北匈奴已到了不堪一击的地步，连鲜卑的部落都可以冲进北匈奴领地，任意抢劫、屠杀、攻击，中国只要坐观其变，就可以不出一兵一卒坐享其成。
窦太后并没有什么政治才能和大国视角，但她自己并不这样认为。她想让自己的哥哥完成这档伟业，淡化他杀人之事，以此来堵住众大臣的嘴。
章和二年冬季，十月十七日，杀人犯、皇太后的大哥窦宪被任命为车骑将军。窦宪为主帅，执金吾耿秉为副帅，率兵讨伐北匈奴汗国，抽调精锐部队及边塞12郡守军、羌部、南匈奴部集结。
第二年春，大军准备出塞时，三公九卿齐上书劝阻。
官员们认为，北匈奴已多年未侵边，且已向中国示好，连年进贡。目前毫无缘由地劳师远征，空耗国力，只图万里之外建功，这不是为国家未来考虑的举动。应该停止这次军事行动。更有官员在朝堂上摘下官帽据理力争，说，先帝刚去世，朝中正在守丧期间，大举兴兵，不合规制。新帝初登，应当先安内。现今北匈奴部被鲜卑击破，已经远逃，距边塞数千里。乘人之危，这不是正义之师。为什么只为赎窦宪一个人的死罪，而毁灭千万个家庭？北匈奴并没有背叛之意，而今中原时值春耕，需要劳力，突然用兵，百姓们会怨声载道。
此时的窦太后，不但拒绝停止进攻北匈奴，还下令给他的两个弟弟同时兴建豪宅。窦宪趁机打击、杀害反对派。
六月，联军兵分三路，向北匈奴汗国发动总攻。大军出塞3000里，登燕然山。窦宪令中护军班固在一块巨石上刻立功绩，记载大捷，这就是《汉书》中著名的《封燕然勒石铭》。汉赋艰涩难懂，以现代文体的韵味对全文编译如下：
皇帝舅父车骑将军窦宪，为人公正，辅助圣君，佑护皇家，总理万事，政清人和。
永元元年（公元89年）七月，与执金吾耿秉，奉旨出征，聚鹰击之将，虎贲之士集结朔方。天子王师，六军俱备，及南匈奴、东胡、乌桓、西戎、氐羌各部首领，共计骁骑10万。
主帅窦宪，指挥若定，战车四路并进，辎重遮蔽道路，达13000辆。大军因地制宜，陈兵八阵，向前推进。神威震撼，铁甲耀目，红旗遮天。
出鸡鹿塞，跨阴山，经碱滩，越盐泽，踏瀚海大漠。
斩温禺王头，祭战鼓，诛尸逐王血，洗剑锋，四方校尉，纵马扬鞭，如入无人之地，以雷霆之势，扫荡万里，无一残寇。
全境征服，凯旋。查地理山迹，穿越涿邪谷、跨过安侯水、抵达燕然山。车碾冒顿宫院，火焚老上祭坛。至上，雪高祖、文帝屈辱，圣君有灵，得以心慰。至下，保万世子孙以平安，开疆拓土，振强汉之天威。
现，封山刊石，刻字铭事，永记丰功。
其辞曰：铄王师兮征荒裔，剿凶虐兮截海外。夐（xiòng）其邈兮亘地界，封神丘兮建隆嵑，熙帝载兮振万世！
这次远征，三路大军会师涿邪山，共杀敌13000，俘获牲畜100万只，北匈奴81个部落20余万人归降。
之后，窦宪派使节携带贵重财物，到达北匈奴王庭西海，以皇帝的名义颁发赏赐，游说北匈奴单于向呼韩邪单于学习，对中国俯首称臣。单于答应率领部众南返。此时，大军已入塞，单于派弟弟右温禺鞮王，携贡物到洛阳当侍子。但是，窦宪认为，单于没有亲自入洛阳，自己很没有面子，就报告窦太后，驱逐北匈奴人质。
自此，窦氏家族更加骄横放纵，祸乱朝政，侵扰百姓。
到了永元二年（公元90年），窦宪派副校尉阎砻率2000骑兵，攻击驻防伊吾卢的北匈奴部。北匈奴败走，车师国震恐，前王、后王都派出王子到长安入侍。
在汉王朝北征匈奴时，西域的班超则与贵霜王朝打了一仗。
当时贵霜王朝的国王是迦腻色伽一世（约公元78年—102年在位），是之前提到过的大月氏翕侯丘就却的孙子。罗巴塔克铭文记载，此人在先祖的基业上，南征印度，占领了娑枳多、桥赏弥和华氏城，疆土远至室利瞻波。疆域西起现今伊朗边境，东至恒河中游，北起锡尔河、葱岭，南至纳巴达河。迦腻色伽一世在位时，将都城迁至犍陀罗地区的富楼沙（今巴基斯坦的白沙瓦），使这一地区成为帝国的统治中心，人口达到1000余万。
迦腻色伽一世开始窥视西域，于是先派出一个使节团，越过葱岭到疏勒面见班超。使节带来了珍宝、狮子、麋鹿等贵重礼物，想与中国和亲，娶汉家公主。
迦腻色伽一世曾帮过班超的忙，说服康居国撤兵，还出兵帮班超打过仗。但是班超直接拒绝了和亲的请求。
为什么迦腻色伽一世想与中国和亲呢？因为当时贵霜王朝处于中亚丝绸之路的交通要道上，是中国丝绸、漆器，东南亚香料，罗马玻璃、麻织品等货物交易的集散地。如果与中国建立了友好的关系，贵霜王朝就可垄断中国货物的进出口市场，在东西贸易上有利可图。
为什么班超直接拒绝了和亲要求呢？班超出身史学世家，非常了解汉初与匈奴冒顿单于、老上单于和亲的历史。和亲是一种无奈的权宜之计，是弱国对强国的示好，但此时的汉王朝已非常强大，四夷臣服。中国公主怎么可以成为他国之妾？
被拒绝之后，迦腻色伽一世派出7万大军，东征西域。消息传来，将士皆慌。当时，班超手下的汉军不过千余人。但是班超很坦然，他采取了以下对策：一是坚壁清野。葱岭就是天然的屏障，7万大军的粮秣供给是大问题，游牧民族习惯以抢劫为生，以战养战，不重视后勤保障。二是伏击月氏人前往西域他国的使节。因为月氏的大军到达，粮秣供给不足，一定会向龟兹等国借买粮草。按班超的估算，月氏大军最多坚持10天。
正如班超所料，月氏军攻城不入，就派使节携带金银去龟兹买粮。结果，中途被汉军伏击，使节的人头被直接送到了月氏军中。于是，月氏将军主动请罪退兵。
这一仗，班超打出了大汉国威。自此，月氏人继续经营他们的贵霜帝国，改变策略，向无障可守的印度西北部开拓疆域。
迦腻色伽一世是虔诚的佛教徒，并未因此战与汉结仇。之后，两国友好往来。大量的佛教徒经过西域商道开始涌入中原传教。凭借贵霜在中亚丝绸之路上的贸易，源自波斯的摩尼教和古罗马的景教（基督教聂斯脱里派）也由此进入西域。
由于北匈奴单于未亲自到洛阳向汉朝示好，这年秋季，窦宪的大军进驻凉州，准备再次攻击北匈奴。
由于送到洛阳的人质被遣返，北匈奴汗国单于再次派使节到边塞，表示归降，请求入朝朝觐汉和帝刘肇。窦宪派班固出塞迎接北单于。
同样得到消息的南匈奴单于派出军队出鸡鹿塞，向北匈奴单于部发动攻击。北匈奴单于苦战，身受重伤，在卫队的保护下逃离。单于的阏氏被俘，北匈奴在此战中损失了8000人。
而南匈奴的势力日渐强大。
班固空手而归。而窦宪此时下定决心要将北匈奴彻底消灭。他派左校尉耿夔、司马任尚率军出居延塞，攻击金微山，大破北匈奴主力。北匈奴单于再次逃脱，不知去向。这次远征，汉军出塞5000里，自汉对匈奴作战以来，这是出击距离最远的一次。到达的位置大概在今天的阿尔泰山附近。北匈奴单于逃跑的路线，估计由伊犁河上游再迁往锡尔河上游的康居，到达欧洲的边缘。
因为这一支北匈奴逃离了中国的地理范畴，对中国已不构成威胁，但对西方世界来说则是一个灾难。北匈奴最终跑到了哪里呢？
200多年后，有一支强大的匈人部落突然出现在黑海北岸，再一次引发了多米诺骨牌效应。黑海北岸的西哥特人被驱逐，向西侵入多瑙河上游，而原本在此地的汪达尔人向西攻占罗马帝国，古罗马在这一波波游牧民族的攻击下灭亡。《波斯史》将这群凶悍的游牧部落称为“上帝之鞭”。
至于这些人是不是金微山之战逃亡北匈奴人的后裔，因为无据可考，已成为史学界的未解之谜。
窦宪立了大功，开始任用亲信。全国各地的刺史、太守、县令多由窦氏家族推荐。朝中官员开始见风使舵。
北匈奴单于北逃时，他的弟弟自称单于，率领自己的部落在西域的蒲类海游牧。他派使节到边塞，要求归附。窦宪主张派出使节迎接，封其为单于，与南匈奴同样待遇。朝中大臣仅袁安、任隗（wěi）反对。
袁安、任隗认为：朝廷现在养着南匈奴，已经耗资巨大，如果再树个北单于，负担将更重。应当让南匈奴回王庭，让他们自给自足。消灭北匈奴最早就是南匈奴的建议，现在北匈奴远迁，再立一个北匈奴单于，南匈奴会觉得中国失信，我们还有可能失去乌桓、鲜卑对中国的信任。朝堂上，窦宪与袁安辩驳时，窦宪盛气凌人，当众威胁袁安，但袁安坚持自己的主张。
这一年，汉和帝刘肇刚14岁。有官员倡议大家拜见窦宪时称“万岁”。尚书韩棱很生气，警告这些官员说：对上交往不献媚，对下交往不傲慢，这是为人臣的标准。这才避免了一次荒唐的“表演”。
迫于压力，刘肇采纳了窦宪的主张。但是小皇帝已开始谋划下一步计划。
正直的官员，往往会将生死置之度外。司徒袁安的所有奏章都是由主簿周荣起草。窦氏集团就有人威胁周荣：窦家的刺客遍布京师，你小心点！而周荣的回答是：我一介书生，得以为国家服务，纵然被害，也心甘情愿。回家后，周荣告诉妻子：“如果有一天我发生意外，不要收敛我的遗体，就让我的蝼蚁之身，唤醒皇帝！”
年幼的汉和帝心中明如镜，他只是在等待时机。他得到信息，窦氏家族的党羽势力已准备谋杀他。皇帝与大臣们被隔离，少年天子根本没有与袁安这类大臣单独接触的机会。皇帝身边信得过的人只有几名宦官，还有一位值得信任的人就是哥哥清河王刘庆，几人共同研究了汉创立以来外戚的毁灭过程。终于，决定动手了。
这一年的六月二十三日，窦宪从西北返回洛阳。汉和帝刘肇到达北宫，派人出城迎接，同时下达了三道命令：一是，负责京城治安的执金吾及北军的五位将领备战，保护南宫、北宫。窦宪入城后，关闭城门，抓捕窦氏集团的主要成员，立刻诛杀。二是，派人前往大将军府收缴窦宪的印信，改封冠军侯。三是将窦宪的几个兄弟遣送回封国。到达封国后，命他们自杀。
一个14岁的皇帝与15岁的亲王，外加宦官首领郑众，就可以把权倾一时、占据几乎所有重要岗位的窦氏集团灭了吗？视听政的窦太后为何物？
如果我们做一分析，也许是有这种可能性的。
在任何一件事中，最重要的部分只占整体的一小部分，约20%，其余80%尽管是多数，却是次要的，这就是“二八定律”。以这个标准去分析当时的官员，可以得出结论，朝中重要的官员只占20%，其中窦氏占10%，窦氏的反对派占10%。其他的官员属于哪一派并不重要，因为这占多数的官员每人心中都有一个风向标，正义占主导时，他们欢呼；邪恶处上风时，他们沉默。
窦氏集团有恃无恐，大家看在眼中，敢怒不敢言，只能静观其变。当小皇帝突然决定打击窦氏集团，只要消息传出去，窦氏集团内部会马上分裂，又有8%的人急于洗白自己，2%的人困兽犹斗。但长期以来的自以为是，让这2%的“困兽”的耳朵和眼睛早就失灵了。
这样一来，皇权一出手，就会获得绝大部分的支持。虽然，在史料中对此次政变的记录一笔带过，没提汉和帝背后真正的操盘手是谁，但是忠于国家者大有人在。宦官就是联络员，在行动之前，他们以密使的身份打通了所有关节。除了宦官郑众之外，还有一个关键人物，就是发明了纸张的蔡伦，他曾是窦皇后身边的宦官，知道窦皇后谋害其他妃子的全过程。蔡伦看不惯把持朝政的窦氏集团。他当时是和帝刘肇身边的中常侍，是负责传达诏令、掌理文书、参与朝政的高等宦官，可以与其他高官直接进行沟通，在汉和帝的夺权过程中扮演了重要角色。
最终窦氏集团覆灭了。跟着倒霉的还有班固，他与窦宪的其他同党被一并抓进监狱，后死于狱中。班固有何罪？得势时，他的家奴都敢辱骂洛阳令，所以被骂的洛阳令奉命抓捕窦氏门客时，一并把班固也收拾了。
那位还等着当北匈奴单于的挛鞮于除鞬得知窦宪被杀，拔营北返。在刘肇的指挥下，挛鞮于除鞬被追击的汉军所杀。北匈奴留下的大片牧场，鲜卑部落进行了填补，土地上的匈奴百姓也就自称是鲜卑人了。
北匈奴失败后的远徙，给统一西域创造了前所未有的有利条件。
班超打败月氏军团后，兵锋直指龟兹。如果班超联系乌孙，从北越过天山，于阗、鄯善从南越过大漠，疏勒、莎车由西穿过戈壁，一起对付龟兹，以龟兹的实力是无法抵挡的。
现任龟兹王是北匈奴所立的尤利多，他知道曾经称霸西域的梦已不可实现，主动率姑墨、温宿、尉头等国投降班超。
永元三年（公元91年）十二月，洛阳。朝议决定，重设西域都护府和戊、己校尉，任命班超为西域都护，徐干为长史。封龟兹侍子白霸为龟兹王，由司马姚光护送白霸回西域。原龟兹王尤利多被送往洛阳。
白霸长期在洛阳生活，熟悉中原的人文法制，酷爱中原的礼乐制度。他登位后，龟兹开始了一个新的发展方向：亲中原、排匈奴、稳商道、重贸易、促农耕、强畜牧……一系列的中原式变革，使龟兹迅速恢复活力。
西域都护府设在龟兹绿洲上，班超移师它乾城，副手徐干屯疏勒。此时的西域，只有焉耆、危须、尉犁因为曾帮北匈奴攻击过西域都护陈睦，怕汉军报复，处于观望状态。西域其他小国，皆已归顺。
班超没有忘记他的战友、前任西域都护陈睦之死。陈睦血洒高昌壁已20年了。20年前，班超带着自己的36名勇士纵横西域。20年后，一场即将爆发的决战，象征着西域全部回归中国。
永元六年（公元94年），西域都护班超调集龟兹、鄯善等环焉耆国的八部力量共7万人，从四面围攻焉耆国。大军抵达焉耆城下，抓捕焉耆王广、尉犁王泛等。到达高昌壁后，将他们斩杀，以祭奠血战高昌、为国尽忠的陈睦和他的数百名将士。之后，这些小国国王的人头被送往洛阳。
班超立焉耆左侯元孟为王，自己留驻焉耆一年，以稳定局势。
至此，葱岭以东的西域诸国，皆为汉土。东西贸易之路畅通无阻。
尽管货物能从地中海运往中国，但是中国本身在穿越印度洋与罗马的贸易中并没有扮演重要角色。对当时的汉王朝来说，外面的世界还仅限于张骞时代的《大宛列传》里提到的那些国家。还没有一个官员跟着商队走过全线的贸易通道。于是，班超决定派出使节，翻越葱岭，去看看外面的世界。
班超曾翻越葱岭到达悬度，回到它乾城之后，班超派甘英出使大秦。
甘英是班超身边的掾（yuàn）吏。“掾”为属官的通称，“掾吏”即起辅助作用的官吏。定远侯、西域都护班超一统西域诸国后，首要问题就是保持西域的稳定。汉军在西域屯田，应尽量不耗费中原的财力和人力。
了解葱岭以西的世界，寻找可以结盟的朋友，这便是甘英此次出使的目的。
丝路那一端的大秦也许是理想的盟友，只是大秦在哪里？有多远？什么状况？那些远道而来的商人或赞扬或贬低的话似乎都不可信。“大秦”是中国史籍对罗马帝国及周边地区的称谓。当时最远的商人来自罗马，丝路的终端。史料中，罗马帝国先后五次派使者到达洛阳。至公元284年后，再无罗马遣使的记录。那时候，匈人进入了欧洲，罗马分崩离析。
在漫长的丝路上，汉商并没有起到主导作用，这是我们的文化基因所导致的。在当时大兴儒学的社会氛围下，实行尊儒、重农、抑商的政策，商业并非汉帝国发展的重心。加之“父母在，不远游，游必有方”的行为准则，离开家乡，远行经商的人并不多。再者，作为天朝大国，中原物产丰富。而西行之路充满了艰难险阻。西来的货物中，除了植物种子外，其他物品如琥珀、犀牛角、金银器之类皆属于奢侈品，并非人民生活的必需品。种种因素，造成中原商人在丝路贸易中没有成为主角。
史料中记载，甘英受班超的命令远行是在永元九年（公元97年），但这也许是甘英回归的时间。
我们按甘英的路线图向前推。由都护府它乾城骑马西行至皮山需要15天，从皮山过悬度、经罽宾至乌弋山离需要60余天，又行百余日穿越伊朗高原到达条支国，再行60余日到达安息国。单程需要八个月左右。这个时间乘以二，就是往返时间，可以推出甘英出发的时间应当在永元八年（公元96年）初，并在永元九年年中回归西域它乾城。甘英应当是跟着实力强大且与汉朝关系非常密切的一支商队同行。
甘英到达了西海，现今的波斯湾一带，再没有前行。
在安息国，向导告诉甘英，到“大秦”有两条路，一条是海路，一条是陆路。走海路比走陆路近。
数百年后的《后汉书》中，是这样描述这段故事的：
安息的向导变成了一个水手，给甘英讲述了一段故事。向导说，到大秦必须坐船，如果碰上顺风，需要三个月，如果是逆风，就要2年才能到达，所以去大秦要准备3年的口粮。且海上风浪无测，前途未卜。人在海上，会思慕家乡，还有妖孽作怪，风险极大。甘英听罢，不敢前行，被吓了回来。
从史料分析，安息的向导告诉甘英的应该是一段希腊神话故事。这个故事的主角是塞壬，她是河神埃克罗厄斯的女儿，长着美女的头颅，有着鸟的身体。由于与缪斯比赛歌喉输了，被剪去双翅。失去翅膀的塞壬只好在海中的岛屿上游荡。有时她会变成姿容娇艳、体态优雅的美人鱼，用她动人的歌喉吸引过往水手，使他们迷失方向，触礁死亡。船队通过时，要用蜡封住耳朵，用绳索将身体绑在船桅上才能安全。
这原本是甘英归来时讲的途中趣闻，在《后汉书》中竟变成了甘英不敢前行的原因。
早于《后汉书》百余年的《后汉纪》中，不但记录了向导告诉甘英走海路的路线，还记载了走陆路的路线图。
在《后汉纪》中，安息向导告诉甘英，从安息走陆道绕西海北行也可以到达大秦。这条路上人口密集，治安良好，无盗贼土匪，但有一段路要过平原和山地，常有野兽攻击行人。如果没有百余人的队伍带着武器自卫，很难通过。
可见，当时的安息向导对甘英非常诚恳，极力想促成甘英出使大秦，并告诉了所知的大秦的风土人情、奇闻趣事。
甘英出使，过悬度、越雪山、上高原……历经千险万难到达安息，怎么可能会因为一段吓人的故事就前功尽弃，无功而返呢？
甘英是北方人，这是他第一次见到大海。在古代的地理概念中，这里已是天涯海角。出使前班超自然有交代，要甘英随机而行。此行是为了考察军事地形与结交盟友，而大秦路途遥远，已失去联盟的价值，这应该才是甘英东归的真实原因。
《后汉书》比《后汉纪》的名气大，后人只看到了《后汉书》中的记载，少有人用心去翻阅更接近甘英西行真相的史料对照研究。所以，一位征战西域的勇士，让后人解读成了知难而退的行者，进而上升到“失去一次中国与古罗马直接对话的机会”的高度。
甘英的出使达到了班超的目的。回归后，甘英详细地介绍了西行沿线的军事、兵要、地志、人文、物产。当时，班超之子班勇已成年。他记录了甘英所述的经历，写成了《西域风土记》。班固死于监狱后，妹妹班昭继续修编《汉书》，采用了相关记录。
北匈奴单于部被赶走后，塞北草原上游牧部落的平衡被打破。那几年，南匈奴开始不断叛乱。叛乱的原因是多方面的，先是来自内斗，后是由于负责管理南匈奴的边地官员挑拨离间，割裂匈奴单于向洛阳朝廷控告的渠道，逼迫南匈奴反叛。没有随北匈奴单于逃亡并向汉朝投降的北匈奴部落在此期间再次叛乱，突出边塞，向西北逃离，进入西域。
汉和帝刘肇虽然年少，但天资聪慧，很快发现了问题所在。之后，逼反单于挛鞮安国的两名高官被召回洛阳处死。
甘英出使归来那年，南匈奴一部叛乱，出塞。这一年，在西域，车师后王涿鞮叛乱，攻击车师前王尉卑大。起兵的原因是戊己校尉索
（jūn）预谋罢黜涿鞮，立破虏侯细致为王。涿鞮认为，是车师前王尉卑大出卖了自己。于是，涿鞮反击车师前国，捕获车师前王尉卑大的家人。
匈奴与汉王朝在西域地区争夺的重点是车师前国、车师后国、东且弥、卑陆、蒲类、移支，也就是争夺对塔里木河以北的“车师六国”的控制权。
“车师六国”的战略地位十分重要，北与匈奴游牧地相接壤，从车师前国向西可以到达焉耆北道，从车师后国向西可以到达乌孙。这个地区的争夺战一直十分激烈。虽然北匈奴单于远逃，但匈奴部落在西域和漠南、漠北依旧大量存在。
永元九年，西域长史王林征发了凉州刺史部六郡的军队以及朝廷可以调动的周边氐羌部落的武力讨伐涿鞮，抓获了车师后国千余人。车师后王涿鞮向北逃入北匈奴牧界，被汉军抓到之后斩首。长史王林随即立涿鞮之弟农奇为车师后国国王。
当时，在羌夷部落也常发生朝廷派出的官员与当地头领不合而引起的叛乱。其实很多叛乱都可以用“官逼民反”来概括。在历史记录中，我们可以看到详细的平叛过程，但只能在只言片语中分析出叛乱的起因。
班超时代，丝路贸易非常繁荣，以致罗马人的购买力对中亚东部的钱币设计产生了影响。丝路货物的集散地在月氏人的贵霜王朝的大都市，这里汇集了来自印度、中亚、中国的各类货物。中国的丝绸成为罗马的贵族时尚。甘英应该专门考察过这里，甘英之后，不断有来自中国的使节到达。
同一时期，中国与波斯的交往变得更加频繁。运往中国的货物一度都被称为“波斯货”。这一切，当然与班超驻守西域、维护这条重要的通道有着极大的关系。
甘英之后，中国与罗马并没有直接的交往。那一时期，中国人对喜马拉雅山脉之外的印度洋和地中海地区知之甚少。罗马帝国的目光也没能越过高山、荒漠盯上中国，而是将波斯视为猎物，以攻占波斯为目标，从而统治世界。显然，那时候罗马人并不知道世界有多大，也不知道中国有多大。
永元十四年（公元102年），70岁的班超给汉和帝刘肇写了一封奏折。在这封折子中，班超很伤感地告诉和帝：“我已老了，不奢望能走到酒泉郡，只敢盼望能活着进入玉门关。现在派庶子班勇随安息王国朝贡的使节团一同入塞。我想在活着的时候，能让儿子亲眼看看祖国的大好河山和家乡的风土人情，再代我祭奠先祖的陵墓。”
妹妹班昭也有30年没有见过哥哥了，于是有了班昭为班超请归的奏折。汉和帝刘肇很感动，下令召班超返回洛阳。这年八月，班超抵达洛阳。因疾病缠身，班超于九月去世。
这位投笔从戎的英雄在西域生活了整整30年，为西域的统一和稳定耗尽了心血。在他离开后，西域很快就乱了。