第三天，墨菲斯憑借著自己堅強的意志力重新出現在眾人面前，除了臉色有些蒼白，身體有些虛弱，其他的都沒有露出任何異樣。他走到莊閑和尼歐的面前，說道：“今天我們進行其他訓練，這些訓練都是為了保證你們以後在母體中能夠逃脫母體特工的追殺。”
三人再次坐到指揮艙的椅子上，墨菲斯對著坦克說道：“坦克打開跳躍系統場景。”
當莊閑三個人進入到虛擬系統後，就發現他們現在站在了一個大廈的樓頂。
墨菲斯對莊閑說道：“不管你昨天說的東西是不是真的，我們都需要在母體中去尋找答案，所以必要的訓練還是需要的。”
莊閑點了點頭說道：“當然，放心我會好好訓練的，我也想知道母機器一族建立母體的目的。”
墨菲斯滿意的點了點頭，覺得自己又重新樹立了威信，接著說道：“你們需要忘掉你們之前所知道的常識，忘掉恐懼、猶豫和懷疑，釋放你們自己的心靈。”
說完墨菲斯向大廈的邊緣飛奔而去，然後在大廈的邊緣縱身起跳，在這片虛擬空間裡雖然也有引力，但是好像這個引力根本就無法對墨菲斯形成束縛，他就如同一直展翅的大鳥，輕輕松松的就飛到了對面的大廈，然後瀟灑落地。
尼歐看著這一幕不由的驚呼起來，“他這是怎麽做到的？”一邊問還一邊向自己所在的大廈邊緣看去。
不過周圍呼嘯的風聲還有看向大廈下面產生的恐高感都讓他知道，墨菲斯確實是從這兩座大廈之間跳了過去。
尼歐問莊閑：“你覺得我應該怎麽做才能像他那樣跳過去？”
莊閑想了想說道：“放開心靈，不要考慮其他任何因素，就用你能夠使出來的最大力氣，向對面跳過去，不要有任何的害怕，否則你就會失敗，我先來給你演示一下。”
說完，莊閑後退幾步後，向前奔跑，然後縱身一躍。尼歐緊緊的盯著躍入空中的莊閑，發現莊閑在空中的姿態居然比墨菲斯還要瀟灑，就像是他天生就會飛一樣，然後輕輕的落在對面的大廈樓頂。
是的輕輕的，而不是像墨菲斯那樣，落地後還砸壞了樓頂的地板。
尼歐開始給自己打氣，他們兩個能做到，自己也能做到。學著莊閑他們後退幾步，然後快速向大廈邊緣奔跑，最後在縱身一跳。
莊閑和墨菲斯就這樣眼睜睜的看著尼歐從對面的大廈跳了下去，然後砸到了地面上。
看到尼歐掉落到地上，整個虛擬訓練場景重新變幻成純白色的。墨菲斯走到尼歐的身邊問道：“怎麽樣，還能繼續訓練嗎？”
尼歐重新從地上爬起來，說道：“沒有問題。”
墨菲斯說道：“還是我對你期望太高了，這個跳躍我們從地面上重新開始訓練吧，一步步來。”
墨菲斯重新開始帶著尼歐開始在地面上，小河溝之間，一步步加寬跳躍的寬度，最終讓尼歐學會了這個母體中違背常識的跳躍動作。
隨後，墨菲斯叫坦克重新打開一個新的虛擬訓練系統。
此時莊閑發現自己整個虛擬系統中不再是只有自己三個人。此時他們站在一個十字路口，斑馬線的兩邊都站滿了在準備過馬路的人。
當綠燈亮起時，墨菲斯帶頭領著莊閑和尼歐向對面走去。
墨菲斯說道：“母體是一個系統的整體，整個系統都是我們的敵人。當你環顧四周時，你看到了什麽？商人、老師、律師、工匠，雖然這些人都是我們需要拯救的人類，但是他們在被拯救之前，他們依然是母體系統的一份子，一旦我們有什麽不對勁的動作，他們就會視我們為敵人。你們必須要明白，這裡的絕大數人都沒有做好接受事實真相的準備。甚至他們中的某些人已經完全依賴於母體的存在，即使知道這個不是真實的世界，但是他們也願意生存在母體中。因為相比於母體，真實的世界實在是太清苦和艱辛了，所以他們更願意為了保護母體而戰。”
就在墨菲斯介紹的時候，一個金發紅裙的高挑美女從莊閑和尼歐的身邊走過，相比於其他人都是黑色的工作服，這個紅裙美女就像是黑暗世界中的一道亮光，完全吸引了莊閑和尼歐的眼球，不由自主的就像對方看去。
“你們在聽我說話嗎，還是在看紅衣女郎？！”墨菲斯突然說道。
尼歐剛想要說：“我剛才只是……”
不過直接被墨菲斯打斷，他說道：“你們再看一下。”
莊閑和尼歐轉頭再看，就發現原來的紅衣女郎居然變成了一名黑衣大漢，手裡還正舉著一把槍，正在對準這他們。
尼歐看著對準過來的槍，下意識的低頭躲開，墨菲斯直接喊道：“暫停。”然後原本走到的人，隨著墨菲斯的話音落下，直接就全部停止了動作，不僅如此連旁邊飛翔的白鴿，流動的噴泉也全部停了下來，整個世界除了莊閑他們三個人，都靜止了。
墨菲斯走到那個舉起的黑衣人身邊，說道：“這個訓練系統就是告訴你們一件事，除了我們的人，其他所有人都是敵人。”
看著眼前這舉槍，戴著墨鏡，一身黑衣西裝的人，尼歐發覺這個人跟之前在母體中把自己逮捕的人長的很像，不由的問道：“他們是誰？”
墨菲斯解釋道：“有自我意識的電腦特工，專門處理我們這種對母體有威脅的人，他們可以自由的進出任何和母體連接的程序，這就意味著任何一個我們尚未解救的人，都有可能變成這些特工。”
“在母體內，他們可以化身成任何人，他們可以無處不在。我們在母體中一般通過隱藏和逃跑來躲避他們，但是他們是母體的看門人，他們看守著所有的入口，掌握著所有的鑰匙，這就意味著，想要打敗母體，就需要有人先擊敗他們。”
墨菲斯十分認真的看著莊閑和尼歐，此時他不知道自己還該不該相信先知，不知道尼歐是不是那個唯一的救世主。但是莊閑和尼歐這幾天的表現，讓他覺得他們就是能擊敗這些特工的人。
莊閑說道：“你是說我們嗎，你認為我們能擊敗這些特工？”
墨菲斯繼續說道：“本來我也並不確定，但是上一代的救世主他就能擊敗這些特工。而你們這幾天在訓練場裡的表現讓我相信，你們擁有擊敗這些特工的潛力。”
“我不想騙你們，之前我們所有的正面對戰這些特工的人都犧牲了，我們親眼看到這些特工能夠一拳擊穿牆壁，向他們射光了所有的子彈，他們都毫發無傷。但是他們的力量和速度依然是建立在那些基本的定律上面的，這時母體能維持這個世界運行的基礎，它自己也不能違背。所以，你們可以比他們更強更快，更厲害。”
尼歐想了想問道：“你跟我們說這些什麽意思，你認為我們能徒手接子彈嗎？”
墨菲斯伸出自己的一根食指搖了搖說道：“不、不、不，當你們能覺醒後，你們根本就不需要都躲避任何的子彈。”
聽著墨菲斯肯定的語氣，尼歐半信半疑的看著對方，無法相信對方說的到底是真的還是假的。
就在這時，一個電話鈴聲響了起來，墨菲斯拿出口袋裡的手機接通。
電話裡傳來坦克的聲音，“我們有麻煩了！”
三個人重新回到真實世界，墨菲斯率先向飛船的控制艙走去。莊閑和尼歐也在司微琪和崔妮蒂的幫助下，斷開了後腦的連接。
這時尼歐才發覺自己嘴裡有點異樣，伸手摸了一下，發現是鮮血。
看著手裡的鮮血，尼歐對著崔妮蒂說道：“我一直以為裡面發生的一切都是假的！”
崔妮蒂說道：“但是你的大腦卻認為這是真的。”
“也就是說，如果我們在母體中死亡，那麽我們就真死了？”尼歐問道。
崔妮蒂說道：“是的，大腦如果死亡，肉體也沒有辦法單獨存活。”
聽了崔妮蒂的話，尼歐有些愣愣的看著手中的血跡，未來的路比他想象的還要危險。
莊閑這時說道：“走了，我們去看看，到底遇到了什麽麻煩，看看能不能幫上忙。”說完莊閑帶頭向前面的控制艙走去。
此時飛船正在急速的飛行在一根根管道中，莊閑和尼歐他們穿過艙門來到了控制室中。
此時墨菲斯已經坐到了控制位上，只聽墨菲斯向旁邊正控制飛船飛行的道格問道：“是錫安發來的警告嗎？”
道格說道：“不，是另一艘船。”
這時飛船的三維顯示器，突然發出警報，圖面上顯示了一隻長著好多條機械觸手的機械怪物正向他們飛來。
道格有些焦急的喊道：“糟糕，烏賊正在快速接近！”
尼歐有些疑惑的問道：“烏賊？”
站在旁邊的崔妮蒂解釋道：“母體的哨兵，殺戮機器，存在的唯一目的就是搜索和殺戮。”
道格還在控制著飛船飛行，這時墨菲斯指了指旁邊的一個位置，說道：“把飛船停在那個下面。”
道格聽從墨菲斯的指揮，將飛船飛到通道的一個下沉口，然後隱藏在一個凹口處。
飛船一陣晃動後慢慢停穩，墨菲斯使用通話器問道：“現在情況如何，坦克。”
  在指揮艙的坦克切斷了飛船所有的電源，整個飛船瞬間就都黑了下來，控制艙中傳來坦克的聲音：“已切斷所有電源。”