1799年，平息了戰事的法國，開始按部就班的發展著自己的工業。大部分法國的流亡貴族在見到歐洲各國聯軍的連續失敗後，終於開始有人願意宣誓服從法國的新憲法，開始陸續回國接受現實。
  當然這些人中並不包括路易.查理的兩位王叔，和追隨兩人的一些極端頑固派。與此同時，督政府第一次換屆選舉，以路易.查理為主的督政府執政官在兩院取得多數票數獲得留任。
  但隨後的兩院議員的改選中，由於勞動黨在各地的精英和骨乾被大量抽調，去北美開拓法國殖民地。各地的初級議院充斥著保王黨分子和自由派分子，也因此導致新當選的兩院議員多為這兩派人士。保王黨和自由派議員的人數首次在兩院中壓倒了商業聯盟和勞動黨議員，他們在兩院中佔據了三分之二的席位。
  看到這個狀況，博羅再次警告路易.查理，“殿下，我們應當解散兩院重新進行選舉。我們還應該修改現在的選舉方法，保證商業聯盟和勞動黨議員在兩院中佔據多數席位，否則督政府的施政方針將在兩院中遇到保王黨和自由派議員的對抗。”
  “博羅先生，我已經注意到了兩院議員選舉中的不正常狀況。但是法國好不容易才恢復和平，我希望能再觀察一段時間。在保王黨和自由派分子什麽都沒做的情況下，我們貿然宣布選舉作廢，修改遊戲規則，只會讓中間派議員也倒向他們，這對我們不利。
  更何況他們在議會中做鬥爭，總好過讓他們在各地煽動民眾暴亂，法國的工業發展需要一個平穩的社會秩序。”路易.查理如此答覆博羅。
  路易.查理並非對兩院改選的結果無動於衷。他連續幾天，詢問了密探頭子德·洛旺達爾和警察總監富歇對法國各地的情報後。發覺保王黨和自由派雖然佔據了議會多數席位，但似乎並無意和自己領導的督政府對抗的意願，路易.查理最終決定還是不解散兩院，他只是讓富歇嚴密的監控兩院的保王黨和自由派議員。
  路易.查理認為如果自己無故解散兩院，將有可能同時激怒保王黨和自由派。而德·洛旺達爾和富歇的報告，也讓他覺得保王黨和自由派分子並未聯手。
  路易.查理認為隨著法國工商業的蓬勃發展，勞動黨和商業聯盟的勢力在法國各地的擴大，保王黨和自由派分子將逐漸為法國人民所拋棄。
  不過為了以防萬一，路易.查理還是對巴黎地區的軍隊和警察力量重新梳理了一遍，保證了督政府對這些武裝力量的絕對控制。
  戰爭的結束和工業快速發展所缺少的資金，讓路易.查理認為，法國目前龐大的陸軍已經毫無必要，而且這些軍隊之間戰鬥力也參差不齊，已經妨礙了法國陸軍的戰鬥力了。
  為了減少軍費，加強軍隊的戰鬥力，督政府開始進行大規模的裁軍行動。在萊茵地區駐扎的法軍，除了新勘探出來的魯爾煤礦區所在地，其余地區的法軍開始撤回萊茵河左岸法國境內。而法軍撤出的地區防禦，都交給了新成立的，萊茵地區各小公國組成的聯盟軍防守。
  北萊茵-威斯特法倫的大半地區在法軍的直接控制下，這一區域被開辟為魯爾自由區。魯爾自由區和阿爾薩斯-洛林工業區之間的道路建設和河道修整獲得了商業聯盟極大的投入，兩者之間的經濟聯系開始緊密起來了。
  而對被法國征服的意大利地區，督政府也開始陸續收縮兵力，除了防守意大利地區幾個交通樞紐城市之外，法軍把其余地區還給了各意大利共和國自己防禦，而意大利方面軍派遣法國軍官擔任這些共和國軍隊的軍事顧問。
  但是意大利方面軍的將士似乎並沒有從佔領軍的身份解脫出來，部分撤回馬賽的意大利方面軍士兵驕橫不法。
  在盧森堡宮的一間會議室內，督政府的幾位執政官正在聽取，警察總監富歇朗讀的馬賽警察局長的報告：“昨天，40名左右的重騎兵在康提尼花園製造了混亂，並且調戲婦女……前天，第四騎兵團二營上士博斯東、第三十二騎兵團上士克雷芒和上士布律納，持械進入酒商雷東多先生在朗日大街的商店，用馬刀威脅店主和前來製止他們的警衛。
  警察抓住了其中的一名搗亂分子，並將其押到了朗日的兵營。但那裡既沒有軍官，也沒有指揮官，人們拒絕協助警察抓捕另兩人。過了一會兒，逃脫的兩人全副武裝地回來，解救了他們的同夥，還將一名警察扣了下來.”
  路易.查理被意大利方面軍士兵的行為激怒了，他拍著桌子製止了富歇的匯報：“太不像話了，他們以為這還是在意大利嗎.”
  會議桌邊的富歇坐了下來，他對路易.查理的憤怒毫不擔心，他認為這不過是首席執政官在作秀罷了，這些軍人在意大利乾的比這更出格，當時路易.查理也只不過是在公文上訓斥了兩句而已。
  發怒的路易.查理稍稍冷靜了一下，提議以督政府的名義發布命令。以正式公文斥責意大利方面軍統帥波拿巴將軍，要求其立刻整頓軍隊紀律，並在意大利方面軍中推行憲兵制度。
  在馬賽鬧事的騎兵師師長繆拉降職留任，下令駐守馬賽附近的達武將軍接管該騎兵師，對該師軍紀進行為期三個月的封閉整頓，對報告中違反軍紀的士兵一律交給軍事裁判法庭進行處置。
  一邊的卡爾諾對此有些猶豫，“這麽做是不是太嚴厲了，畢竟意大利方面軍還是戰功卓著的部隊。”
  已經冷靜下來的路易.查理說道：“就算戰功再顯赫的軍隊，也不能凌駕於國民和地方之上。否則共和國將會被無法控制的軍隊拖入到毫無必要的戰爭中去。”
  一邊的富歇始終保持著毫無表情的神色，誰也看不出他對這件事的看法，但是當晚他又開始悄悄的參加了塔裡安夫人舉辦的沙龍了。
  接到督政府駁斥的文書後，意大利方面軍的軍官們惱怒異常。拿破侖同樣憤怒，但他還是理智的壓製住了下屬軍官們的情緒，遵照督政府的意見開始整頓方面軍的軍紀。
  獲得和平後，在化肥產業的支持下，法國國內的農業開始飛速的發展。而工業方面，除了巴黎工業區、北部加萊海峽地區、阿爾薩斯-洛林、香檳-阿登地區等最早發展工業的地區獲得了長足的進步之外，法國南部、西部地區的工業發展卻進展緩慢。
  這些地區保持著傳統的葡萄種植園經濟和傳統手工業，拒絕機器時代的到來。一些被機器工廠擠兌破產的手工業工人和小商戶，甚至還在裡昂發起了搗毀機器的運動。
  迫不得已之下，路易.查理不顧勞動黨內的反對，通過警察部隊對工人的自發運動進行了強行鎮壓。同時也拒絕了商業聯盟粗暴的在西部、南部地區發展工業的計劃，他減緩了商業聯盟對法國南部和西部的工業化建設，降低工業化生產對農業社會結構的破壞作用。
  商業聯盟在反對無效後，把發展目標從阻礙重重的法國國內轉向了一片空白的北美殖民地。商業聯盟加快了對法屬路易斯安娜的建設。
  除了新奧爾良外，商盟沿著密西西比河建立了孟菲斯、聖路易斯、芝加哥、聖保羅這四個據點，打通了五大湖流域和密西西比河流域之間的航道。
  新奧爾良上遊地區，一個規模宏大的鋼鐵基地開始成型，這個工業區的鐵礦和煤礦主要來自美國境內的伯明翰。1799年11月，第一爐鋼水開始出爐。12月，新奧爾良城第一艘用於內河航運的汽船開始運營。而新奧爾良造船廠的高速縱帆商船也開始了定型下水。
  為了獲得更多的煤炭和鐵礦，督政府要求海地起義的領袖杜桑·盧維圖爾放棄海地共和國國號，遵從法國憲法，重新成為法國的海外殖民地。作為回報，督政府將不再追究起義者的罪行，並承認杜桑·盧維圖爾在海地執政的地位。這個要求被盧維圖爾拒絕了，兩院的議員們紛紛要求督政府出兵收復海地。
  督政府表示接受，法國海軍開始策劃海地遠征計劃，而路易.查理要求商業聯盟收集海地的風土人情，和研製對抗熱帶病的治療方法。
  1800年2月，東方貿易公司的船隊回歸法國，不但帶來了大量的東方商品，還帶來了一批新的學員。這批新學員，都已經在商業聯盟在婆羅洲開辦的學校經過了2年多的學習，他們的年齡在14-17歲之間，人數有500名之多。
  東方貿易公司派回的代表，還交給路易.查理一包被封存的東西，注明是杜羅瓦派人送到婆羅洲東方貿易公司駐地的，並要求東方貿易公司轉交給路易.查理。