在阿罗拉地区收到了冠军大赛邀请函的他，带着阿罗拉的伙伴们和好搭档皮卡丘回到了关都真新镇。好久不见，小霞。好久不见，小智。一项项黑色的阴谋在他们的周围展开。由神奇宝贝联盟所属的神秘组织正对抗着新出现的黑暗势力――孤影团。原来，他和她早就是组织的一员了...
